在林子平等人物的串联之下，不满幕府统治的萨摩藩和长州藩形成了萨长同盟，土佐和肥前比较倾向于萨长同盟，但是并未直接提出加入该同盟之中。萨长同盟厉兵秣马，积蓄实力，也引起了幕府方面的注意。

不过将军德川家齐对于政治并不感兴趣，虽然将军的权力仍旧极大，但家齐却更多把时间用在了女人的肚皮上面。家齐拥有四十位侧室，并生育了五十五个子女，这还只是他在籍的子女，而私生儿女而是数不胜数了。

老中松平定信则认为萨摩藩和长州藩只是故作玄虚，根本不可能真的起兵对付幕府。松平定信对兵事不甚知晓，自认幕府军和其他亲藩的藩兵实力要大过萨长同盟，所以也没有真的放在心上。

直到1790年5月，光格天皇在尊王势力的支持下，于京都动宫廷政变，布“王政奉还令”，宣布成立新政府，解除了幕府亲卫的武装，同时萨长同盟的藩兵进入京都，控制了近畿形势。

将军德川家齐在得知光格天皇布王政奉还令之后大怒，先是以清君侧的名义布《讨逆表》，然后立即调遣幕府军，会同津、桑名等藩的藩兵，准备攻打京都，彻底平息这场动乱。

不过倒幕派也是十分狡猾，他们一方面散播假消息，说倒幕派得到了大唐的支持，大唐随时都可能从奥羽出兵，水陆并进，攻打关东；另一方面，与林子平齐名的进步人士高山彦九郎带人潜入幕府统治的腹地，在江户等地进行了敌后破坏，扰乱治安，阻碍幕府军的出动。

德川家齐也是有些紧张，不仅江户接连抓捕了捣乱分子和宣传王政奉还的人，而且他无法拿定唐人是什么态度，即便派遣家臣前往大唐使馆询问，大唐方面也没有给出任何的明确答案，既没有说支持萨长一方，也没有说支持幕府，这更让德川家齐疑窦丛生。

也是由于这方面的顾虑，德川家齐不肯将自己的主力全部派出去对付萨长同盟，而是留下了相当一部分军力镇守江户城，谨防唐人的偷袭。同时幕府的海军的新式战舰也不敢派到濑户内海去，这也是对大唐海军的防备。

就是在这种掣肘下，幕府方面不能集中力量去迎战倒幕派的军队，而且幕府方面由于对于倒幕派力量估计不足，而且认为他们不足一笑，所以准备也是非常不充分的，这也给了萨长同盟以可趁之机。