孙中山于四月二十七日抵达南京，当晚召开了同盟会高层干部会议。会议一致推举孙中山为中华民国临时『政府』的临时大总统。然而当晚就国家政体的讨论却产生了极大的分歧，孙中山认为以中国目前现状当仿效美国施行总统制，而宋教仁却坚持执行内阁制。孙中山与宋教仁发生严重争执，不过最终还是妥协执行内阁制，一番周折之后，推选黄兴为内阁总理。

次日，孙中山率领同盟会高层在两江总督府召开全国代表选举大会，十七省代表共计五十一人参与此次大会。然后代表大会一致否认内阁制，最终又复改为总统制。第一轮选举各省代表各一票，结果以孙中山十四票、黄兴三票（历史上孙十六票、黄兴一票），毫无悬念的决定了中华民国临时大总统的人选。

当天正午，南京发出全国通电：“本日在宁开临时大总统选举会，到会者十七省。孙中山先生当选为临时大总统，特此通告。”孙中山也在选举会议之后，向各省都督发出专电：“广州举义，四海云从，列国舆论，歌诵民军，无微不至，而尤钦佩公之艰苦卓绝。文于中国革命，虽奔走有年，而此次实行，并无寸力，谬蒙各省代表举为总统，且感且愧，惟有勉为其难，以副诸公之盛意。武汉为全国之枢纽，公之责任维艰，伏维珍重。”同时还以同盟会总理名义，特发了一份加急电报到上海，向吴绍霆专程致意。

吴绍霆于当晚在前往南京的船上复电致孙中山：“顷接各省代表会蒸电称：临时大总统之任，先生当选，曷胜欣贺！先生识高千古，虑周全球，挽末世之颓风，复唐虞之盛治，使海内重睹汉官威仪，不独四万万同胞之福，即东西各国亦莫不景仰高风，为中华民国庆！专此电贺。中华民国万岁！中华民国大总统万岁！”

这番话原本是黎元洪复电给孙中山的内容，只可惜广州首义夺取了武昌首义的光辉，而黎元洪本人还在武昌苦苦与北洋军鏖战。[]1908大军阀224

在二十九日与三十日这两天，南京两江总督府中华民国临时参议院再度发生争执『性』意见，就选举中华民国临时副总统的人选，众人各执一词，两天下来都未曾谈拢。历史上辛亥革命之后选举的临时副总统人选，应当是黎元洪，只可惜现在黎元洪已经让大家淡忘了。

同盟会在候选人提名中首先列出了黄兴、李烈钧，后来又有人提出吴绍霆。可是后者很快就引起了共同的怀疑，吴绍霆年方二十四岁，年纪轻轻、资历尚浅，纵然有革命首义之功也当不得副总统的大任。宋教仁在会场上还为吴绍霆说了几句支持的话，但最终票选时黄兴二十一票、李烈绝二十票、吴绍霆仅只有六票。

因为黄、李二人票数相近，反对派提出不信任选举法案，要求重选。

孙中山为这件事头疼不已，黄兴、李烈钧是率先带兵北伐的功臣，在五省联军中也有颇高的威信，几乎难以选择。更重要的是，他还认为吴绍霆这个人物不好安置，广州首义功臣的是重要人物，同时吴绍霆还是粤系同盟会的代表，如果处理不当，只怕会影响粤系与南京『政府』的关系。

最后，孙中山宣布暂缓选举副总统，因为候选人黄兴、李烈钧两人都在场，而吴绍霆则在赶往南京的途中，为了以示对革命首义功臣的尊重，应等到吴绍霆抵宁之后再行选举。临时参议院正处于胶着状态，既然一时半会无法拟定，索『性』就遵从临时大总统的意思。

五月一日，孙中山改两江总督府为南京总统府，于上午十点在西暖阁宣誓就职。

吴绍霆是午后一点抵达南江，孙中山派遣朱卓文随同宋教仁以及广东代表王宠惠前来迎接，众人热情洋溢的寒暄了一番，然后上了马车赶往总统府。

在路上宋教仁将前几天代表大会的情况向吴绍霆讲解一下，顺带还告知今后半个月的大会议程。吴绍霆听说自己被提名为副总统，立刻表现出一副诚惶诚恐之态，连连推辞。

“震之，你是首义元勋，副总统原本就该有你的提名。不过眼下选举不太顺利，各省代表并非认为你不合适，只是觉得你年纪尚轻，副总统只怕有欠成熟。”朱卓文委婉的说道。

“朱先生所言，也正是我所忧虑。绍霆一介武夫，革命首义只是大家的爱抬，纵然没有绍霆率部起义，也会有其他人来完成此次大举，正所谓革命之势势在必行。”吴绍霆点着头说道。

“震之有这样的觉悟，吾等欣慰呀。”宋教仁有些无奈的说道。

来到总统府大门，吴绍霆透过车窗口看到大门上悬挂着十八星旗，可是却未曾看到代表革命『政府』的青天白日旗。他向宋教仁问起了这番缘故，宋教仁说：“这段时间太仓促，国旗还未能决定下来，所以暂时只悬挂陆军旗。”

吴绍霆点了点头，没有多说什么了。